Kirkko on Karsatinmäki-nimisellä kukkulalla. Nimi on vanhempi kuin kirkko, se osoittaa, että paikalla on ennen ollut karsikko eli pakanuudenaikainen uhripaikka. Sellaisille paikoille keskiaikaiset kirkot usein muuallakin rakennettiin, koska paavikin kirjeessään vuodelta 1229 kehottaa ottamaan pakanalliset palvontapaikat kirkon käyttöön.

Alunperin kirkko oli, kuten keskiaikaiset kirkot yleensäkin, suorakulmion muotoinen ja itälänsisuuntainen. Se oli alunperin kaksiholvinen eli se käsitti nykyisen keskiosan ja itäsakaran. Silloin alttari oli nykyisen itäsakaran päätyseinällä. Sisäänkäynti oli länsipäädyssä, mutta kun eteläseinälle v. 1647 rakennettiin asehuone, tuli sisäänkäynti myös sitä kautta.

Vielä 1700-luvulla oli tapana haudata papit ja muut huomattavat henkilöt kirkon lattian alle. Huittisissa tämä tapa poistui käytöstä vuonna 1794. Tunnetuin Huittisten kirkkoon haudatuista lienee rovasti Nils Idman nuorempi, joka toimi Huittisten kirkkoherrana 1749-1790 ja tuli tunnetuksi varsinkin kielitieteellisistä tutkimuksistaan.